Soucieux de préserver les idéaux porteurs du Conseil de l'Entente, définis par les Pères fondateurs, les Présidents des cinq pays membres ont décidé, au cours de leur réunion du 05 Décembre 2011 à Cotonou, de reformer l'Institution en adoptant la charte du Conseil de l'Entente, modifiant et complétant l'Acte Constitutif du 29 mai 1959.

I- Objectifs

1. Assurer la paix, la sécurité et la stabilité des Etats membres;
2. Promouvoir une intégration politique et culturelle plus étroite et plus dynamique entre les Etats membres, sur la base de la fraternité et de la solidarité;
3. Promouvoir l'intégration économique sous- régionale et le bien- être des populations.

II- Principes

1. L'égalité souveraine et l'indépendance des Etats membres;
2. l'assistance mutuelle et la solidarité;
3. le règlement pacifique des différends;
4. le respect, la promotion et le respect des droits de l'homme et des peuples;
5. la libre circulation des personnes et des biens;
6. le droit de résidence et d'établissement des ressortissants dans l'Espace Entente.

III- Missions

1. Prévenir, gérer et régler tout conflit impliquant l'un des Etats membres,
2. Promouvoir les principes de non-agression et d'assistance mutuelle;
3. Favoriser la culture de la paix et de l'entente entre les Etats membres;
4. promouvoir le développement économique et social des Etats membres.

Créé le 29 Mai 1959, le Conseil de l'Entente est la doyenne des institutions sous régionales ouest-africaines. A l'initiative de Felix Houphouët Boigny (Côte d'Ivoire), quatre chefs d'Etat ont signé l'Acte Constitutif du Conseil de l'Entente. Ce sont:

Felix Houphouet Boigny de la Côte d'Ivoire,
Hamani Diori du Niger,
Maurice Yaméogo de la Haute Volta (Burkina),
Hubert Manga du Dahomey (Bénin).
En 1966, le Togo devint membre du Conseil de l'Entente.

L'histoire du Conseil de l'Entente est marquée par deux reformes : 1973 et 2011.

A l'origine, le Conseil de l'Entente était un instrument de solidarité financière et diplomatique. Il n'y avait que des réunions de Chefs d'Etat et un Secrétariat Général tournant et lié au pays qui assure la Présidence en exercice de la Réunion des Chefs d'Etat.

La réforme du 8 décembre 1973 en fera une institution internationale et un instrument de solidarité financière et économique. Elle sera dotée le 09 Juin 1966 d'une institution financière spécialisée, le Fonds d'Entraide et de Garantie de Emprunts du Conseil de l'Entente (FEGECE). La fonction de Secrétaire Général du Conseil de l'Entente qui s'était éteint depuis 1970 sera assumée par le plus haut responsable  du Fonds appelé « Secrétaire Administratif ». Ce poste, autrefois tournant, devient permanent et est échu à la Côte d'Ivoire. Dès lors le Fonds jouera le rôle de place intournable dans la coopération économique des Etats membres. Il sera doté d'un capital de 7,5 milliards de FCFA. Avec le Création du Conseil des Ministres le 18 Mai 1970, le Conseil de l'Entente compte alors trois organes :
Deux organes politiques (la Conférence des Chefs d'Etat appelée « Réunion des Chefs d'Etat » et le Conseil des ministres) et un organe opérationnel ( le Fonds).

Une  période transitoire de  2009 à 2011 a été necessaire pour préparer la reforme de 2011.
En 1994, les difficultés économiques des Etats vont pousser les Chefs d'Etat à liquider une partie du capital du Fonds. Le fonctionnement du fonds reposait sur les intérêts générés par ce Capital. Privé de sa première source de revenus et avec l'accumulation des arriérés de cotisation, le Fonds va connaître une descente aux enfers (Difficultés à financer les projets, Arrêt des differents programmes). Les difficultés du Fonds  impactent toute la machine du Conseil de l'Entente ( Arrêt de la tenue des réunions des Chefs d'Etat). Lors de la Conférence des Chefs d'Etat de Juillet 2009 à Yamoussoukro, les Chefs d'Etat affirment leur volonté de redynamiser le Conseil de l'Entente. Une période transitoire a donc été décrétée pour les préparatifs de la réforme.

Le 05 Décembre 2011, la Conférence des Chefs d'Etat à Niamey proclame la deuxième réforme du Conseil d'Entente. Cette réforme lui maintient le statut d'Institution internationale. Elle dote l'Institution d'un Secrétariat exécutif et y détache un contrôleur financier. Elle recadre les domaines d'intervention de l'institution afin de ne pas faire redondance avec les autres institutions sous régionales. Elle décrète la liquidation du Fonds, l'institution financière et fait de son siège à Abidjan, le siège du Conseil de l'Entente. Les Etats membres prennent de grands engagements pour doter le Conseil de l'Entente renové de fonds conséquents afin de l'aider à relever ses nouveaux déifis.

Cette reforme valide également un nouveau cadre organique . En plus des anciens organes que sont la Conférence des Chefs d'Etat et le Conseil des Ministres, deux nouveaux organes sont créés : le Comité des Experts et le Secrétariat Exécutif. Tous les nouveaux textes rédigés pour les organes et le fonctionnement du Secrétariat Exécutif ont été adoptés. Le Secrétariat Exécutif connaît ses objectifs etl a rédigé un plan stratégique devant orienté ses actions de 2012 à 2016.

Vive le Conseil de l'Entente reformé !

Le Secrétariat Exécutif est l'organe administratif permanent et opérationnel du Conseil de l'Entente. Il est orienté et supervisé dans son activité par trois organes.

- Conférence des chefs d'Etats
- Conseil des Ministres
- Comité des Experts

Elle est l'organe politique suprême du Conseil de l'Entente.

Sa Composition:

Elle est composée de l'Ensemble des 5 Chefs d'Etat des pays membres ou de leurs représentants en cas d'indisponibilité. Mais les Chefs d'Etat prennent en général de toutes leurs dispositions pour être présent en personne.

Ses Missions

- définition des orientations politiques de l'Organisation;
- instructions au Conseil des Ministres et au Secrétariat Exécutif;
- adoption des protocoles additionnels, des directives et des décisions;
- présidence rotative du Conseil de l'Entente
- nomination du Secrétaire Exécutif, du Secrétaire Exécutif Adjoint et du Contrôleur Financier;
- adoption de son règlement intérieur;
- tenue d'une réunion annuelle

Il est l'organe d'administration.

Sa Composition:

- Ministres en charge des Affaires Etrangères et/ou de l'Intégration
- et Ministres en charge de l'Economie et des Finances des Etats membres;

Ses Missions

- préparation des réunions de la Conférence;
- supervision de la mise en œuvre de ses directives;
- exécution de ses décisions;
- instructions et recommandations au Secrétariat Exécutif;
- adoption du programme d'activité et du budget du Secrétariat Exécutif;
- adoption des rapports annuels d'activité du Secrétariat Exécutif et des Institutions Spécialisées;
- adoption des comptes administratifs et de gestion du Secrétariat Exécutif;
- deux réunions ordinaires par an;
- présidence rotative rattachée à la présidence en exercice du Conseil de l'Entente.

Il est l'organe technique du Conseil des Ministres.

Sa Composition:

Le comité regroupe deux représentants par pays membre, issu des ministères composant le Conseil des Ministres (CM); Il est composé de 10 experts.

Ses Missions

- préparation des réunions du CM;
- examen des rapports d'activité, des rapports financiers et des rapports d'audit du Secrétariat Exécutif et des Institutions Spécialisées avant leur soumission au CM;
- examen des projets de règlement, de directive et de décision avant leur soumission au CM;
- suivi de l'exécution des décisions et directives du CM et de la Conférence;
- recommandations sur le bon fonctionnement et la gestion transparente des organes;
- adoption de son règlement intérieur;
- deux réunions ordinaires par an;
- présidence rotative.

Le contrôle financier est assuré par le Contrôleur Financier (CF).

Le Contrôleur Financier  (CF)  est le vérificateur des comptes du Secrétariat Exécutif pour le Conseil des Ministres.

Sa Composition:

Le Contrôleur financier est un haut fonctionnnaire nommé par la Conférence des Chefs d'Etat pour un mandat de 04 ans renouvelable une fois . Il rend compte directement au Conseil des ministres. 
Il est détaché au siège du Conseil de l'Entente pour y effectuer sa mission.

Ses missions

- contrôler la régularité budgétaire et juridique des opérations de dépenses du Secrétariat Exécutif
du Conseil de l'Entente;
- produire un rapport annuel, soumis à l'approbation du Conseil des Ministres;
- jouer le rôle de conseiller financier du Secrétaire Exécutif.

Le tout premier Contrôleur Financier (CF) du Conseil de l'Entente est
M. Latoudji Dodjivi Amêvi Okpéolou,de nationalité togolaise.
Il a été retenu à l'issu d'un appel à candidature lancé
dans les 5 pays Etats membres du Conseil de l'Entente.
Il a pris fonction le 21 Janvier 2013.