Le Secrétariat Exécutif est l'organe administratif permanent et opérationnel du Conseil de l'Entente. Il est orienté et supervisé dans son activité par trois organes.

- Conférence des chefs d'Etats
- Conseil des Ministres
- Comité des Experts

Elle est l'organe politique suprême du Conseil de l'Entente.

Sa Composition:

Elle est composée de l'Ensemble des 5 Chefs d'Etat des pays membres ou de leurs représentants en cas d'indisponibilité. Mais les Chefs d'Etat prennent en général de toutes leurs dispositions pour être présent en personne.

Ses Missions

- définition des orientations politiques de l'Organisation;
- instructions au Conseil des Ministres et au Secrétariat Exécutif;
- adoption des protocoles additionnels, des directives et des décisions;
- présidence rotative du Conseil de l'Entente
- nomination du Secrétaire Exécutif, du Secrétaire Exécutif Adjoint et du Contrôleur Financier;
- adoption de son règlement intérieur;
- tenue d'une réunion annuelle

Il est l'organe d'administration.

Sa Composition:

- Ministres en charge des Affaires Etrangères et/ou de l'Intégration
- et Ministres en charge de l'Economie et des Finances des Etats membres;

Ses Missions

- préparation des réunions de la Conférence;
- supervision de la mise en œuvre de ses directives;
- exécution de ses décisions;
- instructions et recommandations au Secrétariat Exécutif;
- adoption du programme d'activité et du budget du Secrétariat Exécutif;
- adoption des rapports annuels d'activité du Secrétariat Exécutif et des Institutions Spécialisées;
- adoption des comptes administratifs et de gestion du Secrétariat Exécutif;
- deux réunions ordinaires par an;
- présidence rotative rattachée à la présidence en exercice du Conseil de l'Entente.

Il est l'organe technique du Conseil des Ministres.

Sa Composition:

Le comité regroupe deux représentants par pays membre, issu des ministères composant le Conseil des Ministres (CM); Il est composé de 10 experts.

Ses Missions

- préparation des réunions du CM;
- examen des rapports d'activité, des rapports financiers et des rapports d'audit du Secrétariat Exécutif et des Institutions Spécialisées avant leur soumission au CM;
- examen des projets de règlement, de directive et de décision avant leur soumission au CM;
- suivi de l'exécution des décisions et directives du CM et de la Conférence;
- recommandations sur le bon fonctionnement et la gestion transparente des organes;
- adoption de son règlement intérieur;
- deux réunions ordinaires par an;
- présidence rotative.

Le contrôle financier est assuré par le Contrôleur Financier (CF).

Le Contrôleur Financier  (CF)  est le vérificateur des comptes du Secrétariat Exécutif pour le Conseil des Ministres.

Sa Composition:

Le Contrôleur financier est un haut fonctionnnaire nommé par la Conférence des Chefs d'Etat pour un mandat de 04 ans renouvelable une fois . Il rend compte directement au Conseil des ministres. 
Il est détaché au siège du Conseil de l'Entente pour y effectuer sa mission.

Ses missions

- contrôler la régularité budgétaire et juridique des opérations de dépenses du Secrétariat Exécutif
du Conseil de l'Entente;
- produire un rapport annuel, soumis à l'approbation du Conseil des Ministres;
- jouer le rôle de conseiller financier du Secrétaire Exécutif.

Le tout premier Contrôleur Financier (CF) du Conseil de l'Entente est
M. Latoudji Dodjivi Amêvi Okpéolou,de nationalité togolaise.
Il a été retenu à l'issu d'un appel à candidature lancé
dans les 5 pays Etats membres du Conseil de l'Entente.
Il a pris fonction le 21 Janvier 2013.